Različita su tumačenja knjiženja priljeva sredstava po EU projektima. Neke organizacije knjiže u prihode iz državnog proračuna, dok drugi kao prihode inozemnih vlada i međunarodnih organizacija.

Ministarstvo financija je na svojim stranicama objavilo službenu uputu na koji način knjižiti primljena sredstva koju donosimo u cijelosti:

Upit: Udruga je ostvarila bespovratna sredstva za projekt koji se financira iz Europskog socijalnog fonda. Sredstava su došla preko Ureda za udruge vlade RH i Nacionalne zaklade za razvoj civilnog društva kao posredničkih tijela. Na koji konto je potrebno knjižiti ovaj prihod: 3511 Donacije iz državnog proračuna ili 3521 Prihodi od
inozemnih vlada i međunarodnih organizacija?

Odgovor: Ostvarena bespovratna sredstva za projekt koji se financira iz Europskog socijalnog fonda preko Ureda za udruge vlade RH i Nacionalne zaklade za razvoj civilnog društva kao posredničkih tijela, knjiži se na odjeljku: 3511 Donacije iz državnog proračuna.
Ako neprofitna organizacija ostvari izravno sredstva iz posebnih programa Europske unije, ista se prate analitički na računima podskupini 352 – Prihodi od inozemnih vlada i međunarodnih organizacija.